Nació el 21 de enero de 1769 en San Miguel el Grande, hoy San Miguel de Allende, Guanajuato.

Sus padres fueron el español Domingo Narciso de Allende y Doña María Unzaga, una rica familia española dedicada al comercio y a la agricultura.

Cursó estudios en el Colegio de San Francisco de Sales donde conoció a los hermanos Aldama, quienes, también destacarían en el movimiento independentista. Su carrera militar se inicia en 1795, cuando por la necesidad de establecer un cuartel militar en San Miguel el Grande se autorizó la integración del Regimiento Provincial de Dragones de la Reina en la región. Allende fue nombrado teniente y ratificado por despacho real en febrero de 1796. En enero de 1801, el virrey Félix Berenguer de Marquina lo nombró teniente del Cuerpo de Granaderos, bajo el mando del general Félix María Calleja, trasladándose al norte de la Nueva España.

Entró en contacto con miembros de grupos liberales y masones, así como con oficiales del ejército colonial que coincidían con los ideales de libertad e independencia. Al retornar a San Miguel en 1808, participa en reuniones de conspiradores. En 1809 intervino en la conspiración de Valladolid, promovida por los militares José María Obeso y. El 16 de setiembre de 1810 estalló el movimiento emancipador, liderado por el cura Miguel Hidalgo. Allende fue nombrado Capitán General y asistió a toma de la Alhóndiga de Granaditas. Después de la victoria en Monte de las Cruces propuso la toma de Ciudad de México, pero el cura Hidalgo ordenó el repligue. Después de la derrota en Puente de Calderón, Hidalgo fue destituido y Allende asumió el mando del ejército patriota.

Cuando intentaba reorganizar sus fuerzas, Allende fue capturado en Acatita de Baján. Los realistas lo llevaron a Chihuahua, donde lo fusilaron el 26 de junio de 1811.